可能です。

ログインするアカウントごとに初期設定が必要となります。

2要素認証開始後初めてログインをするアカウントはQRコードが表示されますので初期設定を行ってください。

初期設定が完了すると下図のように初期設定を行った複数のIDが連なり表示されます。

必須の設定ではないですが、複数のコードが表示されるため見分けられるよう編集（鉛筆マーク）からID名など特定できるように編集をすることがおすすめです。