社会保険≫月変算定入力/印刷≫算定月変手入力自動配置設定≫『基礎日数が17日以上の場合には無条件に「総計対象」とする』（下図赤枠）にチェックが入っていないかご確認ください。

この項目にチェックがある場合、手動で総計対象のチェックを外して登録しても、再度算定基礎届一括入力or算定基礎届個別入力を開くことで基礎日数が17日以上の月に総計対象のチェックが自動で入ります。
基礎日数が17日以上でも対象外となる月がある場合は、この項目にチェックを外してから登録してください。