「（源泉）控除対象配偶者の有無等」の有に「〇」を表示するかどうかは年末調整を行ったかどうかにより表示条件が異なります。

年末調整を行った場合（年末調整>>年調データを入力する>>年末調整個別入力の年調区分「要」の場合）は下図赤枠の場合に「（源泉）控除対象配偶者の有無等」の有に「〇」を表示します。

年末調整を行わなかった場合（年末調整>>年調データを入力する>>年末調整個別入力の年調区分「不要」の場合）は下図緑枠の場合に「（源泉）控除対象配偶者の有無等」の有に「〇」を表示します。

（国税庁発行年末調整のしかた55ページ）

（国税庁発行　給与所得の源泉徴収票等の法定調書の作成と提出の手引）