年末調整>>年調データを入力する>>年末調整個別入力にて
「年調データを固定する」のチェックを入れた状態で登録されている可能性があります。
「年調データを固定する」のチェックを入れて登録をすると、給与データ・賞与データの修正が出来なくなります。
(給与個別入力・賞与個別入力等で「当年の年末調整申告データが湖底になっている為、給与(賞与)の入力はできません」と表示されます)

給与・賞与データの修正をされたい場合は、年末調整>>年調データを入力する>>年末調整個別入力にて
「年調データを固定する」のチェックを外して登録を行ってください。