年末調整>>年調結果を出力する>>源泉徴収票・年末調整合計表の印刷時の設定で

「印刷時に年調データの計算と登録を行う」にチェックを入れると、
各帳票の出力対象である従業員（年調データが未登録の従業員も含む）について年調データを計算・登録してから出力します。

年末調整個別入力画面等で最新の年調データが登録されている場合はチェックを入れる必要はなく、年末調整個別入力画面左下部の一括計算処理で「非対称」が選択されている従業員についてはチェックを入れても計算・登録はされません。

源泉徴収票の印刷時の設定で、上記に加え「固定も含めて再計算を行う」にチェックをした場合は、年末調整個別入力で「年調データを固定する」にチェックを入れて登録している従業員についても、固定のチェックを外して年調データを計算・登録してから出力します。
年末調整個別入力にて「基礎控除額・配偶者控除額・配偶者特別控除額・所得金額調整控除額」を手入力している場合は手入力・修正する前の控除額に戻りますので「固定も含めて再計算を行う」のチェックは外してください。