申し訳ございませんが、労働時間を判別して休憩時間を自動で反映する機能はありません。

ネットde就業の休憩時間は、マスタ≫就業時間登録にて設定されている休憩時間か休憩打刻した時間が反映します。

日によって労働時間が異なる場合は、就業時間のパターンを複数作成して上長≫シフト管理にて日ごとに設定するか、就業時間登録では休憩時間を登録せず休憩打刻を行うかのどちらかとなります。